Komunalna čistilna naprava Kostanjevica na Krki je pričela obratovati septembra 2003. Na njej se čistijo odpadne vode naselja Kostanjevica na Krki, ki preko mešanega kanalizacijskega sistema dotekajo na napravo. Ločen kanalizacijski sistem je zgrajen le na otoku mesta Kostanjevica.
Je biološka čistilna naprava z razpršeno biomaso ter ločenim aeracijskim (poteka proces nitrifikacije) in anoksičnim bazenom (denitrifikacijski procesi). Je čistilna naprava, ki ima mehanski in biološki del pokrit oz. zaprt v stavbi. Očiščena voda se odvaja v reko Krko, odvečno blato pa se odvaža na KČN Brestanica, ki ima večje kapacitete naprave za dehidracijo blata.
Projektirana je bila za obremenitev 2200 PE, trenutno obratuje s polovično močjo. Obremenitev čistilne naprave se povečuje, zato bo potrebno v prihodnosti vzpostaviti obratovanje s celotno kapaciteto. Zaradi varovanja okolja in vodotokov bo potrebno na napravi v kratkem zagotoviti tudi terciarno čiščenje. S tem postopkom se iz odpadne vode pred izpustom v odvodnik – reko Krko, odstranijo nekatere dušikove in fosforjeve spojine (hraniva).